Речной флаг знаменует Тарту как водный и речной город и позволяет местным жителям, передвигающимся по реке, подчеркнуть свою принадлежность. Речной флаг Тарту вывешивается в первую очередь на судне, использующем находящийся в городе Тарту порт как порт приписки, и на портовом здании или сооружении, расположенном на административной территории города. Речной флаг Тарту можно дополнительно поднимать в случае мероприятий и знаменательных дат, связанных с судоходством, рекой Эмайыги и городом Тарту, а также на судне, посещающем Тарту.
Флаг был представлен впервые на фестивале реки Эмайыги в Тарту в августе 2012 года. Статус речного флага, уже ранее используемого жителями Тарту, был официально утвержден Тартуским городским собранием в 2014 году.
